Кита-ин был основан в 830 году нашей эры монахом Эннином по указу императора Джунны. Храм получил название Мурёдзю-дзи, что означает «храм бесконечной жизни», в честь Будды Амитабхи, главного объекта поклонения. В дальнейшем храм Тендай был разделен на три части: Кита-ин (северный храм), Нака-ин (средний храм) и Минами-ин (южный храм). Нака-ин ныне является отдельным храмом, а от Минами-ина осталось только кладбище.
Храм сгорел во время войны в 1202 году и восстановлен в 1296 году под правлением императора Фусими. В 1300 году он стал главным храмом секты Тендай под контролем императора Го-Фусими, охватывая 580 храмов восточной Японии. Храм достиг высшей славы и влияния благодаря священнику Тенкае, который покровительствовал первым трем сёгунам Токугава Иэясу, Хидетаде и Иэмицу.
В 1638 году, когда Кита-ин вновь сгорел, Иэмицу передал храму часть замка Эдо. Большая часть замка была уничтожена во время Великого землетрясения Канто в 1923 году, и Кита-ин сохранил единственные оригинальные сооружения замка. Эти строения включают приемные, кабинет, кухню, туалет и ванную комнату Иэмицу. Кроме того, сохранилась гардеробная его медсестры Касуга но Цубоне.
В этот период Кита-ин стал более влиятельным, чем Нака-ин, а название храма было изменено, чтобы отразить значение «большое счастье». Храм также пользовался покровительством даймё домена Кавагоэ.