Хакодате является одним из первых портов, открытых для иностранной торговли в XIX веке. Именно тогда начали официально складываться отношения между ним и иностранными государствами, в том числе и Россией. Православная церковь - один из символов этого. Ее внешний облик представлен в западно-русском стиле - белокаменные стены и зеленая крыша, однако оно также известно своими красивыми колоколами, которые звонят по утрам и выходным. В 1859 году первый русский консул Гошкевич закрепил место Российского консульства на нынешнем месте церкви. То есть собор был построен в 1860 году как собор при консульстве. В 1861 году священник Николай, молодой священник, приехавший в Канто, использовал этот собор как свою базу для распространения Православной Церкви впервые в Японии. Здание было уничтожено во время большого пожара в 1907 году, но нынешняя часовня была перестроена в 1916 году и в 1983 году была признана важным национальным культурным достоянием.